Berdasarkan tingkat, keanekaragaman hayati terbagi dalam tiga tingkatan, yaitu gen, jenis, dan ekosistem.

Keanekaragaman Gen
Setiap sifat organisme hidup dikendalikan oleh faktor keturunan, yaitu gen yang berasal dari induk jantan dan betina. Gen adalah materi yang terdapat pada kromosom dan bersifat diturunkan. Keragaman tingkat gen di tunjukkan dengan adanya variasi dalam satu jenis dan dapat terjadi melalui perkawinan maupun akibat interaksi gen dengan lingkungannya.
Contoh:
• variasi jenis anjing : bulldog, herder, anjing kampung.
• variasi jenis kelapa : kelapa gading, kelapa hijau.
• variasi jenis mawar : mawar merah, mawar putih, mawar kuniing, mawar jingga.

Keanekaragaman Jenis
Keanekaragaman ini lebih mudah diamati dibandingkan keanekaragaman gen. Keragaman hayati tingkat jenis dapat ditunjukkan dengan adanya beraneka macam jenis mahluk hidup baik yang termasuk kelompok hewan, tumhuhan, dan mikroorganisme.
Contoh:
• keanekaragaman jenis pada Familia atau keluarga kucing ( harimau, macan tutul, singa, kucing rumah, kucing hutan, macan kumbang).

Keanekaragaman Ekosistem
Keanekaragaman tingkat ini dapat ditunjukkan dengan adanya variasi dari ekosistem di biosfir.
Contoh:
• ekosistem hutan tropis, ekosistem gurun, ekosistem laut, masing-masing ekosistem memiliki organisme yang khas untuk ekosistem tersebut.

Rumus Cepat :  J E G

  J untuk Jenis

  E untuk Ekosistem

  G untuk Gen